این مسجد با دیگر مساجد ایران متفاوت است – مناره ندارد و در آن از حیاط چهار ایوانی وجود ندارد و این مورد منحصر بفرد بودن این مسجد را صحه گذاری میکند. در نقشه این مسجد هیچ نقطه ضعفی دیده نمیشود و بسیار ماهرانه و حرفه ای طراحی شده است.
اکثر مسجد های اصفهان از ویژگی انعکاس هفت بار صدا برخوردارند که این مورد در مسجد شیخ لطف الله هم دیده میشود. خطاطی های داخل مسجد توسط دو خطاط دوره شاه عباس – یک خطاط گمنام و دیگری علیرضا عباسی – انجام شده اند که زیبایی این بنا را دو چندان میکنند.